秀哉是个普通的上班族，“80后”。30岁的他，相貌普通，事业无成，没有成家，没钱没房没车，住在租来的公寓里，过着枯燥乏味，又没有希望的日子。除了心地比较善良外，基本没有任何可取之处，好不容易喜欢上一个姑娘，最终还是被甩了。
有一天，他的前女友找上门，请求他暂时照看她的孩子小树，原来她要去国外出差一个星期，一时半会儿找不到人帮忙照看，因为觉得秀哉比较好说话，就请他帮忙。秀哉只好答应下来，暂时结束了单身的日子，学着去照顾一个小孩。
小树是个6岁的男孩，从出生起就没见过爸爸，从小跟着妈妈长大。他是个会对自己饲养的蜘蛛说话的孤独男孩，在秀哉照顾他的短短几天时间里，凭借着零食和游戏，他们还是艰难而迅速地建立了友谊。一大一小一起去外面吃晚饭，还一起逛超市，去电影院看迪斯尼电影。就连秀哉出去和女孩约会忘记带钱，也是小树及时给他送来钱包。
本来这样的日子等小树的妈妈回来后就会自然结束，但是末日般的灾难忽然发生，全球性的剧烈地震爆发了。
地震是从半夜开始的，楼房和高架路纷纷倒塌，整座城市都被摧毁了。秀哉和小树正好去外面买夜宵，侥幸活了下来。他们一路上遇到蛋饼女师傅和出租车司机，却又眼睁睁地看着他们在地震余波中横死。最后两个人终于到了人民广场，找到了这个城市仅剩的几名幸存者。
大家严格遵守配给制，支帐篷过夜。在翌日的搜救中，秀哉为了解救一名困在瓦砾堆中的少女，截断了她的腿，然而她最终还是失血过多，死在了秀哉的怀里。秀哉找了个塑料模特，截下它的腿安在尸体上埋葬了少女。这个模特后来被秀哉带了回去，小树根据它的马桶盖发型，为它取名“玛丽”。
回到帐篷，秀哉高烧不退，噩梦连连，一个礼拜后才在小树的照料下逐渐康复。在此期间，其他幸存者都在探索过程中遇难。从这时起，他们再没有见过其他人。这座孤岛上，只剩下秀哉和小树两个人。
他们相互扶持，蹬三轮车四下探索，去记忆中的各个超市找吃的，凭寻来的食材和物资熬过困境。在搜寻食物的过程中，秀哉发现这场地震后，整个浦东都已经下沉到海底，本来的黄浦江面变成了一片汪洋大海。浦西的外滩现在变成了海滩，上海变成了一个小岛。于是他们以小岛为据点，每天都向海上投漂流瓶，希望外面有人能捡到漂流瓶，来救他们，可是没有任何回应。
小树很担心妈妈的安危。秀哉骗他说，他妈妈乘上了一艘比泰坦尼克号还要大的船，总有一天会乘着这艘船来救他们。小树每天都用望远镜远望大海，希望能发现妈妈，发现那条来接他们的大船。
8月份，小树的生日快到了。秀哉突发奇想，搬运黄沙布满了外滩，为小树送上一片人工沙滩作为生日礼物。小树对沙滩大为满意，于是他们两人干脆把帐篷之类的一股脑移到了沙滩，从此就住在了这片海滩上。二人为拥有小麦色的肌肤晒起日光浴，欣赏渐来栖居的海鸥，又利用大海练习游泳。利用车载电源，他们吹起了空调，玩起了游戏机，但仍不免感到孤独，思念着下落不明的亲人。
因为孤独，秀哉趁夜观看缴获来的色情电影，却被小树撞破。他们针对秀哉的情感问题讨论了半天，讨论无疾而终。然而，也就在当夜，秀哉失足踩死了小树视若挚友的蜘蛛。他隐瞒了自己的过失，任凭小树四处搜寻无果。他捡来一条彩虹鱼，装进罐子里，企图用它代替蜘蛛给小树当宠物。
他们开始越来越多地讨论关于小树妈妈的话题，秀哉终于知道，小树的妈妈在甩掉自己后和某个有家庭的男人在一起了，这次去日本就是解决这件事。与此同时，地震以来的第一场大雨降下来了。
大雨连下了两天。秀哉为小树理发，理得很失败。长久以来积攒的压力终于爆发了，两人都对着对方发泄起来。秀哉失言说出小树爸爸不要他的言辞，而小树则反驳秀哉是个谁也看不上的可怜虫。这一点果真触动了秀哉的痛处，秀哉一耳光打跑了小树。
后悔不迭的秀哉困守在他们自制的“海边别墅”，没能等到小树的归来。紧接着他寻遍了整座岛屿，竟意外发现了深埋地下的第三个幸存者——他在地下熬了整整3个月，依靠地下购物中心的食物勉强存活。秀哉用床单作绳子直通地底，意外的是，只发现了地洞，却没发现与他对话的那个幸存者。
这个幸存者其实只是他幻想出来的，是他因为愧疚和孤独产生的幻觉。
秀哉带着迷茫回到外滩，却正撞上收拾东西准备逃跑的小树。秀哉对小树真心实意地致歉，小树则在他怀里痛哭一场。经过这一次分离，他们都意识到自己离不开对方。两个人终于互相原谅，重归于好。小树送给秀哉他找到的大堆人民币，但钱在这个时候已经变成了没用的废纸，秀哉就用钞票折纸飞机给小树玩。秀哉对小树手中那个男人买的游戏机心怀芥蒂，小树察觉到后，将游戏机扔进了海里。
秀哉带小树去郊游——开车去逛这座孤岛。他们试图去锦江乐园，可惜路被完全堵死了。他们俯瞰虹桥商务区形成的天然森林公园，回去后又打扫了营地，用空酒瓶做成风铃。
这本来是开心的一天，可当晚他们却被上涨的海水惊醒。涨潮了。半个沙滩都被潮水淹没，他们的帐篷，帐篷里的被褥都被淹了，陪伴他们几个月的塑料模特“玛丽”也被海水冲走了。
上涨的海水毁掉了小树的生日礼物，这片秀哉特意造出来的人工海滩。他们只好暂时转移根据地，回人民广场驻扎了一夜。第二天早上准备早餐时，秀哉却发现小树不见了。
听到小树的呼救，他才发现小树被堵在了一个崩塌的银行保险库里。这里已形成一个天然洞穴，秀哉好不容易才将小树拉了出来，自己却遭遇土石塌方，下半身被压在水泥板下面。秀哉又急又气，对小树破口大骂。小树委屈又后悔地哭了起来，说出了心里话，他觉得自己的妈妈是因为秀哉没有钱才甩了秀哉的，所以他想给秀哉找很多很多的钱，这样妈妈就不会甩掉秀哉了，秀哉就可以和他们一起生活了。听到这些的秀哉，看着大哭的小树，什么都说不出来。他没有办法自己从水泥板下爬出来，小树也帮不上什么忙。海水又在涨，再过一两天就会淹没这里，秀哉无法脱身，他自忖必死，开始嘱咐小树一个人逃生。
（《如果世界只有我和你》，哥舒意著，作家出版社2014年11月出版）