故事由因一块美丽的琥珀石而取名“琥珀城”的楼盘开始，通过杨奕成为之奋斗的地产事业，展示了中国房地产业的兴衰，解读了高房价背后的秘密。围绕三个同学相互纠结的个人命运，演绎了一场生死歌哭的人生大戏。三位主角中，杨奕成是联海房地产公司老总，周明远是政府官员，杨初九则是下岗工人。一位房地产老板，一位政府官员，一位下岗工人，因为有了同学这层关系后，就有了私情、友情以及中国人独特的人情关系的交集——
杨奕成为了策划与筹建“琥珀城”项目，成天在各种关系中穿梭。一种关系是他商场的竞争对手：徐前进与关永福、刘美娜；一种关系是他必须要找的官场人员：副市长关远山、市委书记杨秋生、市长李世清；还有一种关系是他身边的女人：老婆王冬梅、情人秦小金、战友宋小娇。
小说中引人入胜的是一块金黄色的琥珀石。这块石头第一次出现，是杨初九献给杨奕成，希望拿来用来换房住的，那时杨奕成以为这只是几百块钱的地摊货，不予理睬。后来，石头进了古玩店，经过打磨抛光后，转眼却变成了价值百万的宝石。后来因为周明远要弄块琥珀助助运势，杨奕成便特意在古玩店里寻宝，结果寻到了一块价值不菲的虫珀，“这是块金黄色的琥珀石，块头约拳头大，面上荧光溢彩，包裹物蝴蝶清晰可见，在藏家眼中，最珍贵的琥珀石就是虫珀，其本身就是一件珍罕的天然艺术品。”他哪曾想到这块金贵的石头就是杨初九当初送给他的那块，杨奕成自此便开始对石头另眼相看。而王道人也再三对他暗示，这块石头跟他有缘。
于是这块琥珀随着杨奕成一起游历尘世。刚涉足地产界的杨奕成认为，想要成为一个真正的企业家，光靠跑关系是走不远的，他希望自己成为不同于一般商人的企业家，做到“既造福于股东与员工，又造福于社会”。但理想与现实的巨大差距，使他总是处于一种左右为难的境地，他也只能绞尽脑汁地去跑关系。
“关系”看似无影无踪但又无时不有，无处不在。要抢到“五铺场”这块地，“光有实力不行，重要的是背后的关系”。杨奕成为了打通这些关系，几乎无所不用其极。为了与市委书记杨秋生攀上亲戚，杨奕成专回老家找来杨家家谱予以奉上；为取得书记夫人的好感，杨奕成趁着书记家有了新房，为其搞了豪华装修，送了高档电器，配了红木家具。领导们有的喜欢吃请，有的喜欢赌博，有的喜欢美女，有的喜欢运动，有的喜欢字画，有的喜欢玉石，杨奕成在仔细观察和深入研究的基础上，既要到全国各地搜罗名家字画、名贵玉石，还要抽出大量时间来陪吃、陪喝、陪玩、陪赌、陪运动。有了这样一些巨额打点、用心铺垫，人情有了，人脉厚了，关系铁了，走得近了，关于“五铺场”的宝地，副市长默认了，书记发话了，一切都水到渠成，如愿以偿。杨奕成至为感慨的是：“无论你多有实力，背后见真章的还是关系。”
为了跑关系杨奕成疲于奔命，光这一个项目他前后花了两年多时间，跑了几十个政府机构，盖了上百个公章，一路冲锋陷阵、过关斩将，最终才拿到这项目。在这场无硝烟的战斗中，个中滋味只有他自己才知晓。
不管怎样，杨奕成历经波折从不放弃的精神，让他成功了。2009年是地产辉煌年，同样也是联海的红火年。“琥珀城”的房子卖得热火朝天，杨奕成忙得晕头转向，忙完公司的事忙应酬。这段时间的应酬令他头疼，因为这并不像请客吃饭那么简单，而是各种人通过各种关系来找他买房子打折来了。
杨奕成事业有成，面上风光，却活得并不轻松自在，既要忙着他的事业还要顾着哥们儿情谊。在杨奕成看来，周明远总是生活在矛盾中，一边在仕途上春风得意，想走得更高更远，一边又想离开这个是非之地。辞职只不过是换工作换地点。但如果这个职位是个官位还是个有点分量的官位，事情就变得复杂了。三位同学中日子过得最艰辛的是杨初九，但是最自在逍遥的也是他。他下岗后成天想着如何还房贷，日子过得虽艰难，但是内心强大。每当杨奕成与周明远聊得热闹时，杨初九便会浇盆冷水。说不管中国的房地产是不是“支柱产业”，中国的老百姓都需要“安居乐业”，中国的官员都需要“居安思危”！看两人郁闷，他便出了口恶气似的“嘿嘿”笑个不停。
同时，杨奕成是个既要事业腾飞又要精神家园的男人。杨奕成认为，老婆是电子眼，情人是流星。情人是激情浪漫的化身，能在你需要时出现、恰当时离开，所以他从来没想过把情人变成老婆。
秦小金是个与众不同的女人，一个敢于追求爱情、勇于承担责任、具有献身精神的现代女性。琥珀这种通体透明、温润细密的化石与这样的女性是非常匹配的。因此，在讲述秦小金与杨奕成之间的情爱故事时，这块琥珀石就成了最合适的润滑体。当秦小金与杨奕成一起看到这块琥珀石时，便有一种梦幻般的感觉，她对杨奕成说：“一只飞舞的蝴蝶跨越了千年的时空，见证了沧海桑田的转换，难道这还不够奇妙吗？”这种爱的流露，仿佛已被晶莹剔透的琥珀所包蕴，具有了永恒性。当琥珀辗转回到了杨奕成手里时，他与秦小金的关系也到了如胶似漆的地步，因此他要将这块琥珀作为生日礼物送给秦小金。有了这块琥珀，俩人重归于好。
事业步步为营，那块琥珀在杨奕成眼里，既是贿赂权贵的宝石，又是他的“琥珀城”美梦。在周明远的帮助下，杨奕成通过打点人情、活络人脉等方式，赢得多方的暗中支持，力克其他竞争者，取得“五铺场”的开发权。随后又乘势而上，完成了对纺织厂的收购，取得百山坡的地产开发权，建立起“琥珀城”系列项目，使不起眼的联海房地产公司在金鼎逐渐占有一席之地。
杨奕成在打拼的过程中历尽艰辛，在情爱方面也一波三折。幸好有那块琥珀穿行中间，才让差一点失之交臂的秦小金又回到他身边。杨奕成面对这块琥珀时深为感叹，“自与这块琥珀结缘以来，还没用心观赏过，总想着拿这块石头送人情，自是不会在乎它的内涵。如今定神赏之，才发现此石有种摄人心魄的惊艳之美。质地晶莹透亮，色泽自然沉香，握在手中柔软芳香，这让他想到秦小金身上的清香味。女人仿佛就在眼前笑语盈盈，这令杨奕成心跳加速。曾经的痛苦、心中的阴影似乎看看这块琥珀后都烟消云散。琥珀被认为具有来自大地之母的安定力量，还有调和男女阴阳的功用。难道是这块琥珀起了作用，不管怎样，杨奕成心中充满了期待”。
而那块琥珀何止是跟杨奕成有缘，简直成了他的命数。美丽的琥珀辗转经过了王道人、周明远、杨秋生、陆老师、秦小金等人之手，发生了一个个奇妙的故事，最后又回到了他手上。
由于项目盘子越铺越大，迅速膨胀的“琥珀城”随着国家贷款政策的调整，逐步陷入资金短缺危机，杨奕成进退两难、身心疲惫。在这场不见硝烟的商战中，杨奕成是不幸的又是幸运的,他左有周明远右有杨初九，前有王冬梅后有秦小金。他们一起见证了中国地产业从红火神话到萧条泡沫。一路拼搏，杨奕成得到许多亦失去更多。
那块琥珀就像一个神秘的宝贝，穿行在不同人物之间，有时它被作为贿赂物，有时它又成为定情物，有时它见证了家族的沉浮，有时它又考验了人的品行。这块琥珀就像万花筒，随着杨奕成不仅见证了中国房地产这些年的兴衰历程，还照出了人世间的真实面目。
小说结尾也在这块琥珀上。濒临绝望的杨奕成想以结束生命的方式来摆脱困境，他登上了“琥珀城”的楼顶。
“楼下喊声叫声骂声此起彼伏。‘有人要跳楼了，快来看哪。’楼下看热闹的人越来越多。发生了什么事吗，谁要跳楼了？’杨奕成什么也听不清，只顾往前一步步走去。‘谁要跳楼，是他吗？’杨奕成仍往前走去。背后响起一阵马蹄似的脚步声，又不是去还魂谁跑这么快。接着背后传来一阵熟悉的骂声似乎惊醒了他。杨奕成迟疑了一阵，回头看了看，果然是杨初九。还是老毛病不改，只会骂人，是啊，岁月真是把杀猪刀，不但能让女人容颜变老变丑，同样也能使男人变得恐怖狰狞。当年那个意气风发的‘才子九’如今成了一骂神，每天只会怨天尤人，全世界都对不起他似的。
“这一回味，杨奕成想起，自己确实对不起这位兄弟。起码一块两百万的琥珀石被你一搅和，人家才得了两万块。人家想在你联海买套房子，说了好几年，你就是不卖给他。情愿送给那些个贪官污吏，情愿送给你的小情人，情愿作秀捐给灾区人民，情愿空着养老鼠，也不愿卖给他。为什么？不就是怕他杨初九付不起房款，不就是怕他占你的便宜，不就是怕他赖账吗？你杨奕成还企业家还房产大亨，一点企业家的气派都没有，一点大亨的风骨都没有。看看吧你风光时连哈巴狗都在你身边，你落魄时所有的朋友都离你而去。不，不，就算这个世界抛弃我，还有兄弟周明远。可是明远已得了癌症。怎么可能？前途一片光明，还那么年轻，双博士。他怎么会得癌症，一个如此善于保养自己的人。再善于保养有什么用，一天赶七八场饭局，经常被灌得烂醉如泥，铁打的身体也被灌出毛病来了。周明远不行了，秦小金还会在他身边，一个为了他的事业可以不顾一切的女人。可是秦小金也离他而去。就算世界上所有人抛弃他，王冬梅不会不管他。再艰难的日子，老婆也没抛弃过他。
“想到王冬梅，杨奕成痴痴地遥望天边，他想起了白发苍苍的老娘，想起远在异国他乡的儿子，上个星期还和他视频了，说快放假了，准备回金鼎，想吃妈妈做的饭菜。儿子要回家了，妈妈却不在了。一个曾经说要跟他一辈子的女人终于走了。那他还活在这世上有什么意义。
“杨奕成一步步往前走去，一旁的杨初九也不拦着，还在不断地刺激他。说你要跳楼是吧，你跳好了，但是你跳之前得把那块琥珀石还给我，别以为我不知道实情，转来转去那块石头还是落在了你手上。是啊，他还欠杨初九一块石头。
“杨奕成从包里颤颤巍巍摸出那块琥珀来。这块石头跟随他几起几落，历经人间繁华沧桑，现在也该物归原主了。这时初升的阳光徐徐照射在这块石头上，他准备还给杨初九时手又慢慢收了回来。在举起这块石头的一瞬间，他在这块琥珀石里竟然看到了他的‘琥珀城’，是阳光反射还是他看花眼了，明明这块琥珀包含物是只蝴蝶，怎么成他的‘琥珀城’了？这一惊非同小可，他举起这块石头端详了一阵，阳光下这块石头清晰倒映着整个‘琥珀城’，流动的纹彩勾人心魄，散发的荧光一圈又一圈如海市蜃楼飘摇不定。一块小小的琥珀石怎么可能包裹下他的‘琥珀城’呢？怎么不可能？琥珀历经千百万年孕育而成，它的珍贵在于见证了历史长河的转换。
“这话是谁说的，杨奕成记不清了，他捧着这块石头，目光投向远方又落在近处，楼下刚才还人山人海，瞬间就鸦雀无声了。人都走了，空城了？房地产火爆时，千人排队万人空巷的场面还历历在目，一转眼昨天就成了回忆。看着这块美丽的琥珀，往事就像万花筒，琥珀石里‘琥珀城’。”
（《琥珀城》，余红著，作家出版社2015年1月出版）